La deuxième année de master est ouverte aux étudiants détenteurs d'une première année de master ou titre équivalent à dominante Écologie, Évolution, Mathématiques Appliquées à la Biologie, Bioinformatique, etc. Le Master 2 est indifférencié et se caractérise par l'existence de deux parcours :

• Écologie, Évolution, Génomique destiné à former des étudiants au monde de la recherche
• Bioévaluation des Écosystèmes et Expertise de la Biodiversité destiné à former des étudiants à la gestion des espaces naturels et anthropisés.

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•  Arnqvist G (2019) Mixed models offer no freedom from degrees of freedom. Trends in Ecology and Evolution
• Reiss, D, Mialdea, G, Miele, V, de Vienne, DM, Peccoud, J, Gilbert, C, Duret, L & Charlat, S. 2019. Global survey of mobile DNA horizontal transfer in arthropods reveals Lepidoptera as a prime hotspot. PLOS Genetics. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007965
• Wilson ML, Miller CM & Crouse KN (2018) Humans as model species for sexual selection research. Proc. R. Soc. B 284: 20171320
• Courchamp F & Bradshaw CJA (2017) 100 articles every ecologists should read. Nature Ecology & Evolution, doi:10.1038/s41559-017-0370-9
• E bath et al. (2017) Sperm and sex peptide stimulate aggression in female Drosophila. Nature Ecology & Evolution, 1, 0154, doi:10.1038/s41559-017-0154
• Morgante et al, (2015) Genetic Architecture of Micro-Environmental Plasticity in Drosophila melanogaster, Scientific reports (doi:10.1038/srep09785)