Parcours M2 :
Université Lyon 1
Contacts :
Responsable : Laurence Mouton (laurence.mouton@univ-lyon1.fr)
Secrétariat :
Université Claude Bernard Lyon 1
Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE) UMR 5558
Bâtiment Mendel, 1er étage
43 boulevard du 11 Novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex
Tél : +33(0)4 72 43 26 92
Le M2 parcours EEG «Écologie, Évolution, Génomique» accueillera sa 6ème promotion d’étudiants à la rentrée 2021. Vous trouverez toutes les informations nécessaires pour découvrir l'offre de formation, son fonctionnement, les modalités d’inscription et les débouchés.
Bonne lecture !
Table des matières :
Les mécanismes qui sous-tendent la diversité biologique et son évolution nécessitent d’appréhender la donnée biologique à différentes échelles de temps (échelle brève telle que celle de l’impact de l’homme sur les populations, à très étendue comme les temps géologiques), d'espace et de niveaux hiérarchisés d'organisation (séquences, gènes, génomes, organismes, populations, communautés, écosystèmes). Cette complexité requiert des approches expérimentales complémentaires et multidisciplinaires (ou interdisciplinaires) et génère de nouveaux concepts et données nécessitant une grille de lecture et des méthodes appropriées.
L'objectif du M2 « EEG » est de former à et par la recherche des spécialistes de la biologie évolutive qui possèdent une maîtrise conceptuelle et expérimentale des mécanismes et processus de l'écologie et de l'évolution.
Compétences et savoir-faire visés à l’issue de la formation :
Originalités et forces de la formation M2 EEG :
SEMESTRE 1 (S3) : La formation dispensée fera appel à des experts scientifiques nationaux et internationaux. Des cycles de conférences interdisciplinaires sur des thématiques au front de la recherche scientifique permettront aux étudiants de combiner leurs compétences en écologie et génomique évolutives, et méthodologie (UEs : AIEE Concepts et AIEE transferts à l’application) et de juger les apports de l’interdisciplinarité.
3 UEs dédiées à l’insertion professionnelle sont proposées (Communication Scientifique et Anglais et Projet tuteuré). Cette dernière UE vise à aider les étudiants à s’approprier leur problématique de recherche, la bibliographie propre au sujet et à prendre en main des méthodes (e. g. statistiques) à mettre en œuvre lors du stage.
3 UEs optionnelles complètent la formation académique et permettent à chacun d’individualiser son parcours de formation. Par exemple, si la formation souhaitée se veut plus proche de l’écologie, l’étudiant pourra choisir Trajectoires Évolutives (TE), Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes (BFE) et Modèles Statistiques pour la Biologie (MSB). Si une formation plus transversale est recherchée, l’étudiant peut opter par les UEs TE, MSB et Génomique Populationnelle.
Pour le choix des options, il est conseillé de discuter avec le responsable de la formation et votre encadrant de master afin de choisir celles qui correspondent le mieux à vos besoins futurs et votre projet professionnel.
Choix de 3 options
(3 ECTS/option) parmi les 7 proposées
Schéma de l’offre de formation du semestre 1 du master 2 EEG@lyon
(en bleu les UE obligatoires, en rose les optionnelles)
SEMESTRE 2 (S4) : Il est consacré à un stage obligatoire de longue durée (30 ECTS). Ce stage fait l’objet de la rédaction d’un rapport (voir organisation et évaluation) et d’une soutenance orale.
Le stage permet une immersion dans le monde de la recherche. Pour chaque étudiant, le sujet du stage et le choix du laboratoire devront être validés par les responsables du M2.
Principales structures d’accueil rattachées au M2 EEG :
· UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, LBBE
· UMR CNRS 5023 Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés, LEHNA (http://umr5023.univ-lyon1.fr/)
· UMR INRA 203 Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions, BF2I
Autres équipes françaises ou étrangères (liste non exhaustive) :
Offres de stage :
Demandez des conseils au responsable du M2, consultez les équipes au sein des structures d’accueil.
La liste des offres pour 2021-2022 (et leur détail à l'adresse suivante : http://pbil.univ-lyon1.fr/beelyon/stages)
1- Effets du pré-conditionnement de la litière terrestre sur sa décomposition dans les milieux aquatiques en rivière intermittente.
2- Évolution moléculaire de protéines de la reproduction chez les mammifères.
3- Influence de la croissance sur la qualité de l'éjaculat chez l'homme.
4- Understanding what drives variations in rates of phenotypic evolution : a new hylogenetic comparative approach.
5- Reproduction des plantes pérennes : le niveau de synchronie entre les individus est-il lié à leur proximité génétique ?
6- Traits d'histoire de vie et compromis évolutifs chez un rapace à fort enjeu de conservation, la chevêche d'Athéna.
7- Rôle des vergers de pommiers dans le succès d'invasion de la mouche exotique Drosophila suzukii, ravageur des fruits.
8- Effet de la pollution lumineuse nocturne sur l'expression des gènes horloges et l'activité des têtards de crapaud commun.
9- Modélisation démo-génétique de populations de souris insulaires : comprendre la dynamique d'une espèce invasive et tester sa co-évolution avec l'histoire humaine.
10- Epigenetic inheritance of small RNAs as a mechanistic basis for speciation in Paramecium tetraurelia ?
11- Reconstruire la généalogie d'une population naturelle à partir de données démographiques : le sanglier comme cas d'étude.
12- Les diatomées comme indicateur de la qualité écologique des cours d'eau intermittents : comparaison du potentiel de la microscopie et du métabarcoding ADN.
13- La proportion de fils influe-t-elle sur la longévité de la mère chez l'espèce humaine ?
14- Modalités d'approvisionnement de la punaise de lit et conséquences développementales.
15- Virus et manipulation comportementale dans les systèmes hôtes/parasitoïdes : vers une nouvelle famille de virus ?
16- Domestication virale chez les insectes parasitoïdes du Costa Rica.
17- Le priming immunitaire chez le forficule européen.
18- Coûts et bénéfices des soins parentaux chez les dermaptères.
19- Decrypting phenotypical and ecophysiological consequences of short-term temporal variations and repeated stress exposures on Drosophila suzukii development and thermotolerance.
20- Végétation aquatique en écosystème lentique.
21- Modélisation de la dynamique des agents pathogènes transmissibles par l'environnement à l'interface entre population d'ongulés domestiques et sauvages.
22- Réseau de communauté et risque leptospirosique.
23- Comment évaluer la connectivité des prairies humides? Une approche écologique et génétique.
24- Screening genes involved in a male-specific sexually antagonistic trait.
25- Modélisation d'un scénario de domestication et de diffusion du palmier-dattier.
26- Evolution de la virulence des parasitoïdes face à la protection symbiotique de leurs hôtes
Cette liste est remise à jour régulièrement. N'hésitez pas à la consulter fréquemment.
27- Effets de la prédation sur l'utilisation de l'espace par les chevreuils et les chamois et conséquences sur les cascades trophiques.
28- Investigating the effects of managements practices on C cycling in fish ponds.
29- Investigating the effects of dispersion and managements practices on invertebrate biodiversity in fish ponds.
30- Caractérisation de l'évolution du fardeau génétique chez des insectes envahissants, par des approches de génomique des populations.
31- Le lien entre la micro- et la macro-évolution des palmiers Geonoma dans les néotropiques.
32- Caractérisation des capacités adaptives de différentes races ovines de la zone méditerranéenne l’aide d’un modèle d’allocation de l’énergie entre fonctions.
33- Dissecting the origin and formation of sitophilus spp bacteriomes.
34- Analyse de la structure du genome de drosophila melanogaster.
Chaque UE sera suivie d’un examen et les notes sont communiquées individuellement aux étudiants.
Comité de direction du M2 :
Ce comité émanant du comité de perfectionnement du Master comprend 3 chercheurs et enseignants-chercheurs des principaux laboratoires impliqués dans la formation (responsable EEG, responsable BEEB, 1 représentant par partenaire (INSA : Prof. Abdelaziz Heddi, VetAgro Sup : Prof. Emmanuelle Gilot-Fromont)). Ce comité a en charge :
Jury EEG :
Le jury du M2 EEG est constitué en début d’année scolaire. Il comprend environ 10 experts (ce nombre dépend de l’effectif de la promotion) dont les compétences couvrent les thématiques de recherche des étudiants de la promotion. Il délibère sur les épreuves de S3 et S4 et est en charge de l’évaluation :
Chaque rapport scientifique est évalué par 3 experts qui notent indépendamment. Des guides de rédaction et les grilles d’évaluation sont disponibles pour les étudiants inscrits dans le master et leurs encadrants.
Grilles d’évaluation et d’aide à la rédaction :
Afin de guider les candidats dans la rédaction de leur rapport et dans la préparation de l’oral, les grilles d’évaluation utilisées par les membres du jury sont présentées aux étudiants du M2.
L'admission en M2 est prononcée par une commission d'admission propre au parcours et composée des membres de l’équipe pédagogique. L’admission est conditionnée à l’obtention d’un diplôme (M1, école d’ingénieur,..) dans le domaine de l'écologie ouvrant droit à une inscription en M2 et au dépôt d’un dossier complet.
La capacité d’accueil du M2 étant limitée (capacité d'accueil de l'équipe pédagogique, bassin d'emploi), l'admission sera liée à la qualité du dossier ainsi qu'au projet professionnel défendu par le candidat.
L'étudiant devra obligatoirement solliciter un entretien avec le responsable du parcours avant l’inscription (ces entretiens peuvent se réaliser par téléphone ou via une visioconférence (telle que Skype)). En l'absence de prise de contact au moment de la commission d'admission, le dossier sera refusé ou au mieux placé en liste d'attente.
Constitution du dossier :
Procédure officielle d'inscription et constitution du dossier sur eCandidat :
https://ecandidat.univ-lyon1.fr/
En cas de difficultés avec eCandidat, contacter la scolarité l'UFR Biosciences :
L'ensemble des documents à fournir pour l'inscription vous sera indiqué dans la procédure d'inscription. L’obtention du stage n’est pas obligatoire pour l’inscription, mais vivement conseillée. Les étudiants auront jusqu’en octobre pour trouver un laboratoire d’accueil pour ce stage. Nous attirons votre attention sur le fait qu'une lettre d’acceptation d’une équipe de recherche s’engageant à vous prendre en stage de recherche sera demandée.
Tout dossier incomplet (sauf pour les notes du semestre 2 de M1) sera refusé. Les notes du semestre 2 seront à faire parvenir
au plus vite à l'UFR Biosciences.
N’hésitez pas à contacter le responsable du M2 pour vous aider dans votre recherche de stage.
Calendrier des inscriptions pour la rentrée 2022 - A VENIR :
L’insertion professionnelle est au cœur de la formation. Elle est assurée via une formation approfondie à la communication scientifique, à la gestion de projet et à la réalisation d’un stage longue durée.
Notre formation prépare :
Diverses offres de thèses et d’emploi se trouvent sur les sites suivants :
· Société Française d’Ecologie (SFE) (http://www.sfecologie.org/)
· Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (http://www.fondationbiodiversite.fr/fr/)
· Sites de diffusion et associations :
Bientôt toutes les informations sur le compte Facebook de votre Master EEG !
Les étudiants seront confrontés, au cours de 4 cycles de conférences à des approches trans- et inter-disciplinaires sur des questions majeures et actuelles en écologie, évolution et génomique. Lors des conférences seront présentées comment, dans un même cadre conceptuel, la prise en compte de différents niveaux d’organisations, de diverses approches (disciplinaires et méthodologiques) augmente notre compréhension du vivant et font émerger des axes de recherche pour le futur.
Une réactualisation et une proposition de nouveaux cycles auront lieu au cours des années.
L’objectif de l’UE est de considérer quelques concepts écologiques clés et de décliner leur mise en application pour une gestion écologique de l’environnement dans le contexte des
recommandations issues des Directives Européennes. Les thématiques (18h) abordées sont par exemple :
Chacune des thématiques fera l’objet d’une conférence introductive abordant les enjeux et concepts scientifiques sous-jacents. Cette conférence sera suivie de l’intervention de professionnels de l’environnement autour des thèmes de la valeur de la biodiversité et des modes d’action en sa faveur, la gestion des habitats, la zonation des espaces à protéger.
Equipe pédagogique : Nicolas Roset (ONEMA), Fabrice Darinot (Marais de Lavours), Rudger de Wit (Montpellier), Yann Abdallah (Association "Migrateurs Rhône"), Stephano Focardi (Italy), Jean-Michel Gaillard (DR CNRS), Jean-Paul Léna (MCU, LEHNA).
L'objectif est de fournir aux étudiants les principales clés nécessaires à la diffusion, écrite et orale, des résultats de travaux relevant de la recherche fondamentale ou appliquée et destinés à différents types de lecteurs et d’auditoires (ex. chercheurs, gestionnaires en environnement ou représentants de collectivités locales). Il s’agira d’apprendre à structurer et présenter des documents clairs et convaincants pour faire passer un message, en utilisant des supports adaptés et dans le respect des bonnes pratiques scientifiques ; une attention particulière sera portée aux lecteurs/auditeurs à qui s’adressent ces documents (8h CM, 10h TP).
Equipe pédagogique : Sandrine Charles (PU, resp.), Anne-Béatrice Dufour (MCU)
L'enseignement est dispensé par le Service Commun d'Enseignement des Langues de Lyon 1 en vue de l'obtention du niveau B1 (http://scel.univ-lyon1.fr). L'objectif est de maîtriser la réaction scientifique d'un résumé et d'un article scientifique, la construction d'un poster scientifique pour communiquer des résultats scientifiques.
Le parcours du master a été sélectionné pour que les étudiants accèdent à un niveau de certification plus élevé. Ce dispositif va se mettre en place dans les mois à venir.
Le projet tuteuré prépare à l’insertion en milieu professionnel (ex. recherche académique/finalisée, entreprises). Ce projet correspond au sujet de stage (qui peut être proposé par l'équipe pédagogique, par un organisme d’accueil ou par l'étudiant après concertation avec un organisme d'accueil). Le projet comprend une initiation à la recherche bibliographique et l'appropriation des concepts et outils nécessaires à la réalisation du stage de recherche. Le travail fait l'objet d'un compte rendu écrit (poster) et donne lieu à une présentation orale.
Equipe pédagogique : Emmanuel Desouhant (PU), Sylvain Dolédec (PU)
Un des enjeux en écologie évolutive est de comprendre les trajectoires évolutives des espèces. Pour identifier et comprendre l’évolution des adaptations, différentes approches de modélisation, largement utilisées notamment en écologie du comportement, ont été développées. Ces approches ne considèrent pas la variabilité individuelle et il est important d’analyser les conséquences écologiques et évolutives de cette variabilité. L’objectif est d’initier les étudiants à ces approches et de les sensibiliser à l’importance de considérer cette variabilité individuelle (13h CM, 5h TD).
Equipe pédagogique : Isabelle Amat (MCU); Emmanuel Desouhant (PU) ; Frédéric Menu (PU) ; Anne-Kristel Bittebière (MCU) ; Emilien Luquet (MCU lyon1); Dominique Allainé (PU, resp.)
La biologie évolutive et l’écologie partagent les mêmes objectifs : décrire la variabilité observable dans les systèmes naturels et en comprendre les facteurs explicatifs. Dans ce contexte, tous acquièrent des données, expérimentales ou in situ.Partant de cas concrets et à l’aide du logiciel R, l’objectif de cet enseignement est de montrer comment la statistique s’implique dans la recherche d’une information structurant les données (4h CM, 32h TD). Les thèmes abordés :
Equipe pédagogique : Anne-Béatrice Dufour (MCU, resp.), David Fouchet (MCU)
Cette UE vise à former les étudiants à l'analyse et l'utilisation de données populationnelles à l'échelle des génomes. Ces données et les nouvelles approches associées permettent de répondre de façon beaucoup plus puissante aux problématiques classiques de génétique des populations, et d'aborder le rôle de l'épigénome et des interactions génome x environnement dans le cadre de l'évolution des espèces. L'enseignement abordera en particulier les notions suivantes (9h CM, 9h TD) :
Equipe pédagogique : Marie Fablet (MCU, resp.), Aurore Gallot Le Grand (MCU), Annabelle Haudry (MCU), Cristina Vieira (PU)
L’objectif est la compréhension des mécanismes impliqués dans la dynamique de la biodiversité aux différentes échelles spatiales, ainsi que le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes. Les 2 points suivants seront abordés (CM 18h) :
Equipe pédagogique : Laurent Simon (MCU, resp), Sylvain Dolédec (PU); Florence Piola (MCU)
L'objectif est d'initier les étudiants à l'inférence bayésienne, ainsi qu'aux outils techniques nécessaires à son implémentation. A l'issue de ce module, l'étudiant sera capable de comprendre et d'expliciter les différences entre l'inférence bayésienne et fréquentiste, d'interpréter l’estimation des paramètres d’un modèle dans un cadre bayésien et de valider ce modèle.
Chacune des parties sera illustrée par des études de cas.
Equipe pédagogique : Marie-Laure Delignette (Prof VetAgroSup, resp.), Fabien Subtil (MCU), Bastien Boussau, (CNRS), Nicolas Lartillot (CNRS)
À l'issue de ce module, l'étudiant aura acquis les compétences nécessaires dans le cadre de développement en Bioinformatique moléculaire.
1/ Évolution moléculaire
- Introduction : l'évolution moléculaire avant et après la révolution génomique
- Avancées actuelles en évolution moléculaire : quelques exemples approfondis
- Évolution de la taille des génomes et écologie des organismes
- Les éléments transposables et leur impact sur le génome
- Origine et évolution des chromosomes sexuels des animaux et des plantes
- Variation de la composition en base génomes
2/ Phylogénie
- Alignement : revue des différentes méthodes d'alignement de séquences
- Distance : Méthodes d'estimation des distances évolutives (modèle markovien, modèle spécifique)
- Phylogénie : Méthodes de reconstruction phylogénétique en insistant sur le maximum de vraisemblance,
les méthodes bayésiennes et l'évaluation de la fiabilité des arbres
- Discussion des biais dans les reconstructions en fonction des modèles évolutifs utilisés
3/ Mini-projets par groupes d'étudiants
Equipe pédagogique : Celine Brochier-Armanet (PU lyon1); Nicolas Lartillot (CNRS)
L’objectif de cette UE est le perfectionnement aux techniques SIG (système d’information géographique) appliquées à l’analyse de données écologiques.
Le programme comprend les volets suivants :
- Une présentation théorique des méthodes et concepts de l’information spatiale (collecte et structuration de données, principes de l’analyse spatiale...)
-
La prise en main du logiciel professionnel ARCGIS.
- Présentation des traitements avancés de données écologiques à partir d’outils SIGs : cartographie automatique de la végétation, calculs de chemin de moindres coups, modélisation d’habitats.
- Mission de collectes de données sur le terrain avec l’utilisation de tablettes numériques à ensuite analyser sous SIGs en salle.
Equipe pédagogique : Cathy Quentin-Nataf (PU Lyon1)