Parcours M2 :

Université Lyon 1

Le M2 parcours EEG «Écologie, Évolution, Génomique» accueillera sa 6ème promotion d’étudiants à la rentrée 2021. Vous trouverez toutes les informations nécessaires pour découvrir l'offre de formation, son fonctionnement, les modalités d’inscription et les débouchés.

Bonne lecture !

Table des matières :

• Objectifs de la formation
• Contenu pédagogique et organisation des cours
• Le stage de recherche
• Organisation et évaluation
• Modalités d’admission et d’inscription
• Débouchés et insertion professionnels
• Suivez le M2R sur Facebook

Les mécanismes qui sous-tendent la diversité biologique et son évolution nécessitent d’appréhender la donnée biologique à différentes échelles de temps (échelle brève telle que celle de l’impact de l’homme sur les populations, à très étendue comme les temps géologiques), d'espace et de niveaux hiérarchisés d'organisation (séquences, gènes, génomes, organismes, populations, communautés, écosystèmes). Cette complexité requiert des approches expérimentales complémentaires et multidisciplinaires (ou interdisciplinaires) et génère de nouveaux concepts et données nécessitant une grille de lecture et des méthodes appropriées.

L'objectif du M2 « EEG » est de former à et par la recherche des spécialistes de la biologie évolutive qui possèdent une maîtrise conceptuelle et expérimentale des mécanismes et processus de l'écologie et de l'évolution.

Compétences et savoir-faire visés à l’issue de la formation :

• Capacité de synthèse,
  
• Démarche intégrative,
  
• Restitution de résultats scientifiques (orale et écrite),
  
• Conduite d’un projet scientifique,
  
• Travail en équipe.
  

Originalités et forces de la formation M2 EEG :

• Accent mis sur l’interdisciplinarité : une nécessité pour aborder les questions complexes à différents niveaux d’organisation.
• Formation adossée à des structures de recherche reconnues nationalement et internationalement. Ces laboratoires constituent un large vivier d’équipes d'accueil pour le stage du M2.
• Diversité des interlocuteurs locaux allant des méthodologistes (mathématiciens, informaticiens, algorithmiciens, statisticiens, modélisateurs…) aux expérimentateurs à différentes échelles et travaillant sur une grande diversité de modèles biologiques.

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SEMESTRE 1 (S3) : La formation dispensée fera appel à des experts scientifiques nationaux et internationaux. Des cycles de conférences interdisciplinaires sur des thématiques au front de la recherche scientifique permettront aux étudiants de combiner leurs compétences en écologie et génomique évolutives, et méthodologie (UEs : AIEE Concepts et AIEE transferts à l’application) et de juger les apports de l’interdisciplinarité.

3 UEs dédiées à l’insertion professionnelle sont proposées (Communication Scientifique et Anglais et Projet tuteuré). Cette dernière UE vise à aider les étudiants à s’approprier leur problématique de recherche, la bibliographie propre au sujet et à prendre en main des méthodes (e. g. statistiques) à mettre en œuvre lors du stage.

3 UEs optionnelles complètent la formation académique et permettent à chacun d’individualiser son parcours de formation. Par exemple, si la formation souhaitée se veut plus proche de l’écologie, l’étudiant pourra choisir Trajectoires Évolutives (TE), Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes (BFE) et Modèles Statistiques pour la Biologie (MSB). Si une formation plus transversale est recherchée, l’étudiant peut opter par les UEs TE, MSB et Génomique Populationnelle.

Pour le choix des options, il est conseillé de discuter avec le responsable de la formation et votre encadrant de master afin de choisir celles qui correspondent le mieux à vos besoins futurs et votre projet professionnel.

Schéma de l’offre de formation du semestre 1 du master 2 EEG@lyon

(en bleu les UE obligatoires, en rose les optionnelles)

SEMESTRE 2 (S4) : Il est consacré à un stage obligatoire de longue durée (30 ECTS). Ce stage fait l’objet de la rédaction d’un rapport (voir organisation et évaluation) et d’une soutenance orale.

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Le stage permet une immersion dans le monde de la recherche. Pour chaque étudiant, le sujet du stage et le choix du laboratoire devront être validés par les responsables du M2.

Principales structures d’accueil rattachées au M2 EEG :

·  UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, LBBE

(http://lbbe.univ-lyon1.fr/)

·  UMR CNRS 5023 Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés, LEHNA (http://umr5023.univ-lyon1.fr/)

·  UMR INRA 203 Laboratoire de Biologie Fonctionnelle Insectes et Interactions, BF2I 

(http://bf2i.insa-lyon.fr)

Autres équipes françaises ou étrangères (liste non exhaustive) :

•  INRA Sophia Antipolis ; équipe BPI (http://www6.paca.inra.fr/institut-sophia-agrobiotech),
• IRSTEA (http://www.irstea.fr/linstitut/nos-centres/lyon),
• Station d'Ecologie Expérimentale du CNRS à Moulis (http://www.ecoex-moulis.cnrs.fr/)
• UMR 7261 CNRS, Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte (http://irbi.univ-tours.fr/)
• UMR 406 INRA-UAPV Abeilles et Environnement (http://www.univ-avignon.fr/fr/recherche/laboratoires/strlab/structure/unite-mixte-de-recherche-a406-ecologie-des-inver.html)
• ...

Offres de stage :

Demandez des conseils au responsable du M2, consultez les équipes au sein des structures d’accueil. 

La liste des offres pour 2021-2022 (et leur détail à l'adresse suivante : http://pbil.univ-lyon1.fr/beelyon/stages)

1- Effets du pré-conditionnement de la litière terrestre sur sa décomposition dans les milieux aquatiques en rivière intermittente.

2- Évolution moléculaire de protéines de la reproduction chez les mammifères.

3- Influence de la croissance sur la qualité de l'éjaculat chez l'homme.

4- Understanding what drives variations in rates of phenotypic evolution : a new hylogenetic comparative approach.

5- Reproduction des plantes pérennes : le niveau de synchronie entre les individus est-il lié à leur proximité génétique ?

6- Traits d'histoire de vie et compromis évolutifs chez un rapace à fort enjeu de conservation, la chevêche d'Athéna.

7- Rôle des vergers de pommiers dans le succès d'invasion de la mouche exotique Drosophila suzukii, ravageur des fruits. 

8- Effet de la pollution lumineuse nocturne sur l'expression des gènes horloges et l'activité des têtards de crapaud commun.

9- Modélisation démo-génétique de populations de souris insulaires : comprendre la dynamique d'une espèce invasive et tester sa co-évolution avec l'histoire humaine.

10- Epigenetic inheritance of small RNAs as a mechanistic basis for speciation in Paramecium tetraurelia ?

11- Reconstruire la généalogie d'une population naturelle à partir de données démographiques : le sanglier comme cas d'étude.

12- Les diatomées comme indicateur de la qualité écologique des cours d'eau intermittents : comparaison du potentiel de la microscopie et du métabarcoding ADN.

13- La proportion de fils influe-t-elle sur la longévité de la mère chez l'espèce humaine ?

14- Modalités d'approvisionnement de la punaise de lit et conséquences développementales.

15- Virus et manipulation comportementale dans les systèmes hôtes/parasitoïdes : vers une nouvelle famille de virus ?

16- Domestication virale chez les insectes parasitoïdes du Costa Rica.

17- Le priming immunitaire chez le forficule européen.

18- Coûts et bénéfices des soins parentaux chez les dermaptères.

19- Decrypting phenotypical and ecophysiological consequences of short-term temporal variations and repeated stress exposures on Drosophila suzukii development and thermotolerance.

20- Végétation aquatique en écosystème lentique.

21- Modélisation de la dynamique des agents pathogènes transmissibles par l'environnement à l'interface entre population d'ongulés domestiques et sauvages.

22- Réseau de communauté et risque leptospirosique.

23- Comment évaluer la connectivité des prairies humides? Une approche écologique et génétique.

24- Screening genes involved in a male-specific sexually antagonistic trait.

25- Modélisation d'un scénario de domestication et de diffusion du palmier-dattier.

 26- Evolution de la virulence des parasitoïdes face à la protection symbiotique de leurs hôtes

Cette liste est remise à jour régulièrement. N'hésitez pas à la consulter fréquemment.

27- Effets de la prédation sur l'utilisation de l'espace par les chevreuils et les chamois et conséquences sur les cascades trophiques.

28- Investigating the effects of managements practices on C cycling in fish ponds.

29- Investigating the effects of dispersion and managements practices on invertebrate biodiversity in fish ponds.

30- Caractérisation de l'évolution du fardeau génétique chez des insectes envahissants, par des approches de génomique des populations.

31- Le lien entre la micro- et la macro-évolution des palmiers Geonoma dans les néotropiques.

32- Caractérisation des capacités adaptives de différentes races ovines de la zone méditerranéenne l’aide d’un modèle d’allocation de l’énergie entre fonctions.

33- Dissecting the origin and formation of sitophilus spp bacteriomes.

34- Analyse de la structure du genome de drosophila melanogaster.

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Chaque UE sera suivie d’un examen et les notes sont communiquées individuellement aux étudiants.

Comité de direction du M2 :

Ce comité émanant du comité de perfectionnement du Master comprend 3 chercheurs et enseignants-chercheurs des principaux laboratoires impliqués dans la formation (responsable EEG, responsable BEEB, 1 représentant par partenaire (INSA : Prof. Abdelaziz Heddi, VetAgro Sup : Prof. Emmanuelle Gilot-Fromont)). Ce comité a en charge :

• de former les jurys en début d’année,
• d’allouer les rapports des étudiants aux experts constituant les jurys et d’orienter les nouvelles candidatures vers les structures d'accueil en adéquation avec le projet des candidat(e)s.

Jury EEG :

Le jury du M2 EEG est constitué en début d’année scolaire. Il comprend environ 10 experts (ce nombre dépend de l’effectif de la promotion) dont les compétences couvrent les thématiques de recherche des étudiants de la promotion. Il délibère sur les épreuves de S3 et S4 et est en charge de l’évaluation :

• de l’introduction du rapport de recherche,
• du rapport de recherche (Matériels & Méthodes, Résultats et Discussion),
• de la soutenance orale en juin.

Chaque rapport scientifique est évalué par 3 experts qui notent indépendamment. Des guides de rédaction et les grilles d’évaluation sont disponibles pour les étudiants inscrits dans le master et leurs encadrants.

Grilles d’évaluation et d’aide à la rédaction : 

Afin de guider les candidats dans la rédaction de leur rapport et dans la préparation de l’oral, les grilles d’évaluation utilisées par les membres du jury sont présentées aux étudiants du M2.

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L'admission en M2 est prononcée par une commission d'admission propre au parcours et composée des membres de l’équipe pédagogique. L’admission est conditionnée à l’obtention d’un diplôme (M1, école d’ingénieur,..) dans le domaine de l'écologie ouvrant droit à une inscription en M2 et au dépôt d’un dossier complet.

La capacité d’accueil du M2 étant limitée (capacité d'accueil de l'équipe pédagogique, bassin d'emploi), l'admission sera liée à la qualité du dossier ainsi qu'au projet professionnel défendu par le candidat.

L'étudiant devra obligatoirement solliciter un entretien avec le responsable du parcours avant l’inscription (ces entretiens peuvent se réaliser par téléphone ou via une visioconférence (telle que Skype)). En l'absence de prise de contact au moment de la commission d'admission, le dossier sera refusé ou au mieux placé en liste d'attente. 

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L’insertion professionnelle est au cœur de la formation. Elle est assurée via une formation approfondie à la communication scientifique, à la gestion de projet et à la réalisation d’un stage longue durée.

Notre formation prépare :

• à l'entrée dans les écoles doctorales (ED) dont le champ scientifique couvre l'écologie, la biologie de l'évolution et la biodiversité (par exemple l’ED 341 E2M2 :  http://e2m2.universite-lyon.fr/),
• aux métiers de la recherche dans les secteurs publics (Universités, Muséum, CNRS, INRA, IRD, IRSTEA, CIRAD, Grandes Ecoles) et privé (par exemple, protection des plantes et environnement, collection et gestion des ressources biologiques, biovigilance, santé humaine et animale),
• aux métiers faisant appel à une expertise scientifique en écologie et en évolution (PME-PMI, collectivités territoriales, Etat, ...).

Diverses offres de thèses et d’emploi se trouvent sur les sites suivants :

·         Société Française d’Ecologie (SFE) (http://www.sfecologie.org/)

·         Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (http://www.fondationbiodiversite.fr/fr/)

·         Sites de diffusion et associations :

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Bientôt toutes les informations sur le compte Facebook de votre Master EEG !

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Les étudiants seront confrontés, au cours de 4 cycles de conférences à des approches trans- et inter-disciplinaires sur des questions majeures et actuelles en écologie, évolution et génomique. Lors des conférences seront présentées comment, dans un même cadre conceptuel, la prise en compte de différents niveaux d’organisations, de diverses approches (disciplinaires et méthodologiques) augmente notre compréhension du vivant et font émerger des axes de recherche pour le futur.

• Génomique et traits d'histoire de vie - Les organismes vivants sont le fruit d’un processus historique. A la fois leurs caractéristiques, leurs adaptations particulières et leur histoire évolutive sont enregistrées dans leurs génomes. Obtenir ces informations est désormais devenu très facile. La difficulté reste dans l’établissement de modèles d’évolution et de méthodes statistiques permettant de mettre en relation les événements qui ont affecté les génomes et les conditions de vie dans lesquelles les organismes ont évolué. Ce module aura pour objet d’illustrer les efforts faits dans ce sens, qui permettent de comprendre comment l’histoire évolutive des organismes modifie les génomes et leur fonctionnement et comment, en retour, l’analyse des génomes permet de révéler l’histoire du vivant (Intervenants: N Galtier (DR CNRS, N Lartillot (DR CNRS), V Daubin (DR CNRS), T Lefébure (MCU))

• Biologie de l’Evolution et Médecine - La biologie de l’évolution et la médecine (humaine et vétérinaire) établissent de plus en plus de passerelles concrètes. Cette interdisciplinarité apparaît comme indispensable comme le montrent récemment les progrès de la génomique, l’évolution des résistances des bactéries aux antibiotiques en milieu hospitalier, la découverte des multiples fonctions du microbiote, l’évidence des mécanismes épigénétiques, la compréhension de la sélection clonale dans la tumorogenèse, les impacts sanitaires des modifications environnementales, ou encore l’évolution des pratiques médicales. L’objectif est de montrer qu’une réflexion écologique et évolutionniste peut aider à mieux comprendre les causes et explications des pathologies, et contribuer à leur traitement voire à orienter les recherches dans des directions inédites (Intervenants: D. pontier (PU), L. Périno (PUPH), JF Lemaitre (CR CNRS), F. Vavre (DR CNRS)).

• Quand Claude Bernard rencontre Charles Darwin : ajouter du réalisme physiologique dans les approches évolutives - L’émergence de nouvelles disciplines telle que l’écophysiologie ou l’endocrinologie évolutive ou l’éco-immunologie ont récemment permis d’ajouter du réalisme dans les modèles d’écologie comportementale et d’évolution. L'objectifs de ce cycle est d'illustrer les apports des avancées en physiologie dans la compréhension des compromis évolutifs (trade-offs), de la senescence et de la théorie du budget énergétique (Dynamic Energetic Budget) (Intervenants: N Mondy (MCU), Y Voituron (PU), J Casas (PU)).

• When ecology meets evolution  -  Until very recently, most researchers shared the view that ecological and evolutionary processes were working at highly different temporal scales. The awareness of climate change and the numerous empirical case studies that aimed to quantify the responses of organisms to this unprecedented large scale environmental perturbation have allowed demonstrating that the ecological and evolutionary processes can co-occur to shape the distribution of a given trait at a given time. Thus, the analysis of eco-evolutionary dynamics has developed fast, especially during the last decade. This conference cycle aims to present this new approach, its history, and the methods allowing analysing it, as well as the main findings reported so far using this approach and the future developments we can envision (Intervenants: JM gaillard (DR CNRS), T. Coulson (Oxford)).

Une réactualisation et une proposition de nouveaux cycles auront lieu au cours des années.

L’objectif de l’UE est de considérer quelques concepts écologiques clés et de décliner leur mise en application pour une gestion écologique de l’environnement dans le contexte des recommandations issues des Directives Européennes. Les thématiques (18h) abordées sont par exemple :

•    Conservation et suivi de population,
•    Restauration des écosystèmes côtiers,
•    Connectivité et corridors écologiques.

Chacune des thématiques fera l’objet d’une conférence introductive abordant les enjeux et concepts scientifiques sous-jacents. Cette conférence sera suivie de l’intervention de professionnels de l’environnement autour des thèmes de la valeur de la biodiversité et des modes d’action en sa faveur, la gestion des habitats, la zonation des espaces à protéger.

Equipe pédagogique : Nicolas Roset (ONEMA), Fabrice Darinot (Marais de Lavours), Rudger de Wit (Montpellier), Yann Abdallah (Association "Migrateurs Rhône"), Stephano Focardi (Italy), Jean-Michel Gaillard (DR CNRS), Jean-Paul Léna (MCU, LEHNA).

L'objectif est de fournir aux étudiants les principales clés nécessaires à la diffusion, écrite et orale, des résultats de travaux relevant de la recherche fondamentale ou appliquée et destinés à différents types de lecteurs et d’auditoires (ex. chercheurs, gestionnaires en environnement ou représentants de collectivités locales). Il s’agira d’apprendre à structurer et présenter des documents clairs et convaincants pour faire passer un message, en utilisant des supports adaptés et dans le respect des bonnes pratiques scientifiques ; une attention particulière sera portée aux lecteurs/auditeurs à qui s’adressent ces documents (8h CM, 10h TP).

Equipe pédagogique : Sandrine Charles (PU, resp.), Anne-Béatrice Dufour (MCU)

L'enseignement est dispensé par le Service Commun d'Enseignement des Langues de Lyon 1 en vue de l'obtention du niveau B1 (http://scel.univ-lyon1.fr). L'objectif est de maîtriser la réaction scientifique d'un résumé et d'un article scientifique, la construction d'un poster scientifique pour communiquer des résultats scientifiques.

Le parcours du master a été sélectionné pour que les étudiants accèdent à un niveau de certification plus élevé. Ce dispositif va se mettre en place dans les mois à venir.

Le projet tuteuré prépare à l’insertion en milieu professionnel (ex. recherche académique/finalisée, entreprises). Ce projet correspond au sujet de stage (qui peut être proposé par l'équipe pédagogique, par un organisme d’accueil ou par l'étudiant après concertation avec un organisme d'accueil). Le projet comprend une initiation à la recherche bibliographique et l'appropriation des concepts et outils nécessaires à la réalisation du stage de recherche. Le travail fait l'objet d'un compte rendu écrit (poster) et donne lieu à une présentation orale. 

• Gestion de projet et recherche bibliographique,
• Encadrement tuteuré.

Equipe pédagogique : Emmanuel Desouhant (PU), Sylvain Dolédec (PU)

Un des enjeux en écologie évolutive est de comprendre les trajectoires évolutives des espèces. Pour identifier et comprendre l’évolution des adaptations, différentes approches de modélisation, largement utilisées notamment en écologie du comportement, ont été développées. Ces approches ne considèrent pas la variabilité individuelle et il est important d’analyser les conséquences écologiques et évolutives  de cette variabilité. L’objectif est d’initier les étudiants à ces approches et de les sensibiliser à l’importance de considérer cette variabilité individuelle (13h CM, 5h TD).

• Unités de sélection,
• Notion de paysage adaptatif et de paysage de fitness,
• ESS et Dynamique Adaptative,
• Variabilité inter-individuelle : syndromes comportementaux et spécialisation de niche.

     Equipe pédagogique : Isabelle Amat (MCU); Emmanuel Desouhant (PU) ; Frédéric Menu (PU) ; Anne-Kristel Bittebière (MCU) ; Emilien Luquet (MCU lyon1); Dominique Allainé (PU, resp.)

La biologie évolutive et l’écologie partagent les mêmes objectifs : décrire la variabilité observable dans les systèmes naturels et en comprendre les facteurs explicatifs. Dans ce contexte, tous acquièrent des données, expérimentales ou in situ.Partant de cas concrets et à l’aide du logiciel R, l’objectif de cet enseignement est de montrer comment la statistique s’implique dans la recherche d’une information structurant les données (4h CM, 32h TD). Les thèmes abordés :

• Modèles descriptifs permettant de croiser deux tableaux de données contenant des informations de nature différente (e.g., ACP inter et intra-classe, analyse canonique des redondances, analyse de coinertie, classification),
• Utilisation de modèles probabilistes pour analyser des jeux de données à échelles de variation multiple (e.g., modèle linéaire mixte, modèle linéaire généralisé mixte),
• Utilisation de critères d’information pour sélection un ensemble de covariables explicatives.

Equipe pédagogique : Anne-Béatrice Dufour (MCU, resp.), David Fouchet (MCU)

Cette UE vise à former les étudiants à l'analyse et l'utilisation de données populationnelles à l'échelle des génomes. Ces données et les nouvelles approches associées permettent de répondre de façon beaucoup plus puissante aux problématiques classiques de génétique des populations, et d'aborder le rôle de l'épigénome et des interactions génome x environnement dans le cadre de l'évolution des espèces. L'enseignement  abordera en particulier les notions suivantes (9h CM, 9h TD) :

• Conséquences des systèmes de reproduction sur l'évolution des génomes, 
• Étude de l’épigénome à l'échelle des populations (Systèmes de régulation épigénétique, Transmission des marques épigénétiques, Environnement et épigénétique, Epigénétique quantitative),
• Génomique et écologie (Effets des interactions génome x environnement sur les traits d'histoire de vie, bases génomiques de l'adaptation).

Equipe pédagogique : Marie Fablet (MCU, resp.), Aurore Gallot Le Grand (MCU), Annabelle Haudry (MCU), Cristina Vieira (PU) 

L’objectif est la compréhension des mécanismes impliqués dans la dynamique de la biodiversité aux différentes échelles spatiales, ainsi que le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes. Les 2 points suivants seront abordés (CM 18h) :

• Biodiversité
• • Mesure et analyse de la biodiversité aux différents niveaux hiérarchiques (du gène à la communauté),
  • Différentes échelles spatiales de la biodiversité : gradients latitudinaux et altitudinaux, taille de niche,
  • Liens entre biodiversité, perturbations et dynamique des écosystèmes,
  • Impact des changements climatiques et conséquences des invasions biologiques.

• Fonctionnement des écosystèmes
• • Rôle de la biodiversité dans les cycles des éléments et les flux de matière : organismes ingénieurs, construction de niche,
  • Groupes fonctionnels,
  • Interactions trophiques : cascades trophiques, régulation des ressources par les consommateurs (« top-down »), rétroactions des ressources sur les consommateurs (« bottom-up »),
  • Traits fonctionnels dans les communautés.

Equipe pédagogique : Laurent Simon (MCU, resp), Sylvain Dolédec (PU); Florence Piola (MCU)

L'objectif est d'initier les étudiants à l'inférence bayésienne, ainsi qu'aux outils techniques nécessaires à son implémentation. A l'issue de ce module, l'étudiant sera capable de comprendre et d'expliciter les différences entre l'inférence bayésienne et fréquentiste, d'interpréter l’estimation des paramètres d’un modèle dans un cadre bayésien et de valider ce modèle.

• Théorie de l'inférence bayésienne : Principe de l’inférence bayésienne; Méthodes de l'inférence bayésienne : solutions explicites, algorithmes MCMC, Choix des lois a priori; Estimation des paramètres d’un modèle ; Validation et comparaison de modèles.

• Mise en œuvre avec les outils de type « BUGS » : Formalisation d’un modèle sous la forme d’un graphe acyclique dirigé, Introduction aux outils de type « BUGS », prise en main du logiciel JAGS à partir d'exemples simples.

Chacune des parties sera illustrée par des études de cas.

Equipe pédagogique : Marie-Laure Delignette (Prof VetAgroSup, resp.), Fabien Subtil (MCU), Bastien Boussau, (CNRS), Nicolas Lartillot (CNRS)

À l'issue de ce module, l'étudiant aura acquis les compétences nécessaires dans le cadre de développement en Bioinformatique moléculaire.

1/ Évolution moléculaire
- Introduction : l'évolution moléculaire avant et après la révolution génomique
- Avancées actuelles en évolution moléculaire : quelques exemples approfondis
- Évolution de la taille des génomes et écologie des organismes
- Les éléments transposables et leur impact sur le génome
- Origine et évolution des chromosomes sexuels des animaux et des plantes
- Variation de la composition en base génomes
2/ Phylogénie
- Alignement : revue des différentes méthodes d'alignement de séquences
- Distance : Méthodes d'estimation des distances évolutives (modèle markovien, modèle spécifique)
- Phylogénie : Méthodes de reconstruction phylogénétique en insistant sur le maximum de vraisemblance,
les méthodes bayésiennes et l'évaluation de la fiabilité des arbres
- Discussion des biais dans les reconstructions en fonction des modèles évolutifs utilisés
3/ Mini-projets par groupes d'étudiants

Equipe pédagogique : Celine Brochier-Armanet (PU lyon1); Nicolas Lartillot (CNRS)

L’objectif de cette UE est le perfectionnement aux techniques SIG (système d’information géographique) appliquées à l’analyse de données écologiques.

Le programme comprend les volets suivants :

-   Une présentation théorique des méthodes et concepts de l’information spatiale (collecte et structuration de données, principes de l’analyse spatiale...)

-     La prise en main du logiciel professionnel ARCGIS.

-   Présentation des traitements avancés de données écologiques à partir d’outils SIGs : cartographie automatique de la végétation, calculs de chemin de moindres coups, modélisation d’habitats.

-    Mission de collectes de données sur le terrain avec l’utilisation de tablettes numériques à ensuite analyser sous SIGs en salle.

Equipe pédagogique : Cathy Quentin-Nataf (PU Lyon1)