Master Biodiversité, Écologie, Évolution (bee@lyon)
Depuis la rentrée 2022, le master BEE propose 4 parcours ainsi que la formation en alternance.
- Écologie Évolution Génomique (EEG)
- Bioévaluation des Écosystèmes et Expertise de la Biodiversité (BEEB)
- Écologie de l’Anthropocène : Urbanisation, Biodiversité, Eau (EAube)
- Génomique Environnementale (GE)
Le master BEE permet également l'accès au parcours international Integrated Watershed Sciences (IWS@lyon) à partir du 3e semestre.
Responsable : Marie Fablet
Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE)
UMR CNRS 5558
Bâtiment Mendel
43 boulevard du 11 Novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex
contact: marie.fablet@univ-lyon1.fr
9 mars 2023
sur le campus de la Doua
Cette année, la procédure de recrutement change; la plateforme officielle nationale sera "Mon Master" : monmaster.gouv.fr
Dépôt des candidatures : du 22 mars 2023 au 18 avril 2023
Phase d'admission : du 23 juin 2023 au 21 juillet 2023
Réunion de rentrée le 1er septembre 2023
Le master bee@lyon a pour objectif de former les étudiants dans les domaines de l'écologie fondamentale et appliquée (conservation et gestion des espaces), en milieux naturel ou
anthropisé, et de la génomique évolutive et environnementale. Les grandes questions scientifiques actuelles et les défis à venir relevant de ces domaines sont présentés aux étudiants via
une approche interdisciplinaire, qui est une caractéristique de l’école lyonnaise.
La première année du master BEE s’organise en un premier semestre (S1) socle commun, permettant aux étudiant.es d’acquérir et de consolider les compétences dans :
les outils moléculaires et statistiques pour l’étude de la biodiversité
les outils et concepts généraux pour l’étude de la biodiversité, de l’écologie et de l’évolution
des modules d’insertion professionnelle.
Les étudiant.es devront réaliser un projet tutoré en petits groupes, leur permettant de développer ces compétences, d’acquérir l’autonomie nécessaire, et les qualités orales et écrites de restitution de leurs travaux.
À partir du deuxième semestre (S2), les étudiant.es se spécialiseront dans l’un des quatre parcours: Écologie Évolution Génomique
(EEG@lyon), Bioévaluation des Écosystèmes et Expertise de la Biodiversité (BEEB@lyon), Écologie de l’Anthropocène: Urbanisation, Biodiversité, Eau
(EAube@lyon), Génomique Environnementale (GE@Lyon), ou dans le parcours international Integrated Watershed Sciences (IWS@lyon) à partir du 3e
semestre.
Les débouchés concernent les secteurs de la recherche publique (CNRS, Universités, INRA, ONCFS, IRSTEA, CIRAD…) et privée (EDF, CNR, bureaux d’étude…) et de la gestion sociétale de l’environnement (associations de protection de la nature, parcs naturels, conseils généraux…). Les diplômé.es y exerceront des fonctions d’ingénieur.e d’études, de chargé.e de mission environnement, de responsable patrimoine naturel, d’ingénieur.e écologue, d’ingénieur.e de recherche (Bac+8), de chercheur.e et enseignant.e-chercheur.e (Bac +8).
Un des défis posés par l’étude du vivant, notamment en écologie, est son extraordinaire variabilité et complexité. Avec le développement rapide de nouvelles méthodes d'acquisition de données dans
tous domaines de la biologie (génomique, génétique, écologie.... Cf. UE Technologies d’Acquisition de Données), la quantité d’information à manipuler explose. Pour comprendre le fonctionnement et
l'évolution des systèmes biologiques, il est donc indispensable d’avoir des notions de planification expérimentale pour bien acquérir des données, d’avoir des compétences d’informatique pour
pouvoir manipuler efficacement ces données, et de bien maîtriser les outils d’analyse statistique (inférentiel et exploratoire) pour pouvoir les analyser.
Le premier objectif de cette UE est de familiariser les étudiants à la planification expérimentale (i.e. comment réaliser un protocole expérimental pertinent pour une question biologique donnée)
et d’approfondir leurs compétences dans l’analyse des données écologiques et évolutives. Pour remplir cet objectif, les connaissances des étudiants relatives aux concepts et à la méthodologie de
base en statistique (estimation, test d’hypothèse, vraisemblance d’une hypothèse, risques d’erreur) seront renforcées. Les notions de robustesse des tests, de puissance et de taille d’effet
seront approfondies, et les étudiant.es seront sensibilisé.es aux problèmes de pseudo-réplication et de colinéarité. L’analyse des données et le lien avec la planification expérimentale seront
mis en pratique en TD (grâce au logiciel R) sur des jeux de données empruntés à différents domaines de la biologie et dont l’analyse relève du modèle linéaire. Les analyses abordées seront
étendues au modèle linéaire généralisé pour permettre aux étudiant.es d’élargir la palette des données qu’ils.elles sont en mesure d’analyser en autonomie (e.g. données binaires ou données de
comptage, classique en écologie). Le traitement des tableaux de données par l’analyse en composantes principales (ACP) et l'analyse des correspondances (AFC) posera les premières bases théoriques
et interprétatives des méthodes exploratoires. Ces deux méthodes seront également illustrées par des jeux de données écologiques via le logiciel R.
Le second objectif de cette UE est de former les écologues à un langage de programmation afin de leur permettre de traiter en autonomie des jeux de données comprenant des types d’informations
diverses ainsi que de très grosses tailles (impossible à manipuler avec un simple tableur) ou de conduire une démarche exploratoire au moyen de simulations. Le langage de programmation est
véritablement pensé ici comme un moyen et non pas comme une fin. Le but est de comprendre et être capable d’utiliser des notions de base (variables, tests conditionnels, boucles, fonctions,
etc.). Via une approche par projet en R, les étudiant.es pourront se familiariser avec les bases informatiques qui seront utiles pour le reste de la formation : savoir formaliser des
questionnements biologiques et proposer des solutions de manière autonome (écriture de scripts, exploitation des paquetages R, …).
Cette UE présente les concepts nécessaires pour appréhender la dynamique éco-évolutive de la biodiversité et traitera en particulier de l’évolution des traits phénotypiques dans les populations. Après une présentation des notions centrales de niveaux de sélection et des processus qui sous-tendent la variabilité des traits dans les populations, une partie de l'enseignement traitera des compromis (trade-offs) et des contraintes à considérer dans l’évolution de ces traits. Des interventions mettront l’accent sur leur évolution en environnement fluctuant et leur évolution rapide dans le contexte de changement global en cours. Cet enseignement fournira un socle conceptuel et méthodologique nécessaire pour appréhender l’UE ‘Approches interdisciplinaires en Écologie’.
Cette UE a pour vocation de faire travailler les étudiant.es en petits groupes avec une approche professionnelle sur des projets en lien direct avec leur formation.
Les projets sont structurés autour du triptyque : élaboration d'un cahier des charges, développement et rendu des livrables. Ils permettent aux étudiant.es de développer les compétences
conceptuelles, méthodologiques et pratiques mises en œuvre au cours de leur formation, ainsi que la maîtrise des outils et des approches requis pour le travail en équipe / collaboratif (e.g.
cahier de laboratoire, partage de documentation).
Évaluation par un rapport et une soutenance orale.
L'offre de formation est individualisée par parcours à partir du semestre 2.
Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (UMR 5023)
Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, INRIA, Vet Sup Agro
Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interaction
Institut National des Sciences Appliqués
École nationale des travaux publics de l'État
http://www.entpe.fr/
Dynamiques Eco-évolutives des Maladies Infectieuses
Université de Lyon
Parcours
BEEB@lyon
Bioévaluation des Écosystèmes et Expertise de la Biodiversité
Responsable : Jean-Paul Lena
Parcours
EAube@lyon
Écologie de l'Anthropocène: Urbanisation, Biodiversité, Eau
Responsable : Bernard Kaufmann