Parcours M2 :


BIOEVALUATION DES ECOSYSTEMES ET EXPERTISE DE LA BIODIVERSITE (BEEB)


Université Lyon 1

Contacts :

 

Responsable : Prof. Sylvain Dolédec

mail : sylvain.doledec@univ-lyon1.fr

tél : 04 72 43 13 63

 

Secrétariat : Nathalie Lyvet, nathalie.lyvet@univ-lyon1.fr[M1] 

Université Claude Bernard Lyon 1

Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés

UMR 5023

Bâtiment Forel/Darwin

43 boulevard du 11 Novembre 1918

69622 VILLEURBANNE cedex

 

Tél : +33 4 72 43 12 58

Fax : +33 4 72 43 11 41

WEB : http://umr5023.univ-lyon1.fr


Préambule : 

 

Le M2 parcours BEEB « Bioévaluation des Ecosystèmes et Expertise de la Biodiversité » a  accueilli sa première promotion d’étudiants dans sa nouvelle version à la rentrée 2016. Vous trouverez ci-dessous toutes les informations nécessaires pour découvrir la nouvelle offre de formation, son fonctionnement, les modalités d’inscription et les débouchés.



Objectifs de la formation


Les activités visées par ce diplôme concernent des ingénieurs conseillers en environnement et spécialisés dans la gestion des espaces protégés et plus particulièrement la mise en œuvre des directives européennes (« Cadre sur l’eau », « Habitat », « Oiseaux ») dans une approche pluridisciplinaire mêlant les sciences écologiques et les sciences humaines. Elles portent sur des fonctions de conception, conseil et suivi de projets, de mise en œuvre d’action de gestion et de conservation des espaces naturels, périurbains et urbains à haute valeur patrimoniale dans leurs aspects juridiques et scientifiques. La vocation de ce parcours est de former des professionnels qui vont s'intégrer dans le processus de mise en place des politiques de développement durable en France et en Europe. Leur champ d'action couvre :

  • la prévision des impacts d'aménagement, la définition de zones à protéger,
  • l'évaluation de l'efficacité des mesures de protection et de restauration,
  • l'intégration des critères socio-économiques et du cadre juridique dans les actions conservatoires,
  • la coordination des études d'impact ou des projets dans le domaine du développement durable.

La formation BEEB est adossée au M2 EEG en terme d'équipe pédagogique et elle bénéficie de nombreux partenaires en gestion de l’environnement ou issus des collectivités locales. Ces partenaires jouent un rôle majeur dans l'offre de stage et dans le recrutement des étudiants.

Compétences et savoir-faire visés à l’issue de la formation :

  •  Capacité de synthèse,
  •  Démarche intégrative,
  •  Restitution de résultats scientifiques (orale et écrite),
  •  Conduite de projet, établissement de cahier des charges,
  •  Gestion de l'interface entre scientifiques et gestionnaires,
  •  Constitution de dossiers techniques,
  •  Travail en équipe.

Originalités et force de la formation M2 BEEB :

  • Contribution des équipes de recherche (Cf. M2 EEG) impliquées dans le domaine de la bioévaluation, de la gestion et de la restauration des écosystèmes, et de l'analyse de la biodiversité,
  • Pluridisciplinarité de la formation assurée par des spécialistes du droit de l'environnement et de la socio-économie,
  • Réseau constitué de professionnels de l'environnement (bureaux d'études), de services de l'état (DREAL, Agence de l'Eau) et de conservatoires (projets NATURA 2000).

Contenu pédagogique et organisation des cours


Semestre 1 (S3) : Des conférences interdisciplinaires sur des thématiques actuelles de gestion environnementale (ex. conservation, restauration, connectivité) permettront aux étudiants de combiner leurs compétences en écologie et méthodologie (UE AIEE transfert à l’application) et de juger les apports de la pluridisciplinarité.

 

Deux  UEs dédiées à l’insertion professionnelle et partagées avec le M2 EEG sont proposées (Communication scientifique et Anglais).

 

L’UE Projet tuteuré vise à permettre aux étudiants de mener un projet commandé par un prestataire dans son intégralité et constitue une mise en situation professionnelle en vraie grandeur.


Le choix d'une UE optionnelle complète la formation. Compte-tenu de la vocation professionnalisante de ce parcours et de la demande des employeurs dans le domaine de l'environnement l'UE SIG est fortement recommandée. D'autres UEs telle que Biodiversité et Fonctionnement des Ecosystèmes  ou Modèles Statistiques pour la Biologie  sont également possibles.

 


Choix de 1 option

(3 ECTS) parmi les 7 proposées. UE SIG recommandée.


Schéma de l’offre de formation du semestre 1 du Master 2 BEEB (en bleu les UE obligatoires, en rose les optionnelles)

Semestre 2 (S4) : le semestre 2 du M2 2 BEEB est consacré à un stage de longue durée (30 ECTS). Ce stage fait l’objet de la rédaction d’un rapport (voir Organisation et Evaluation) et d’une soutenance orale.


Le stage en entreprise


Le stage en entreprise d'une durée de 4 à 6 mois permet une immersion dans le monde du travail dans le domaine de la gestion environnementale des espaces naturels et urbains. Au cours du premier semestre, chaque étudiant doit mener sa propre recherche de stage sur la base d'un cahier des charges établi avec les responsables du M2. Pour chaque étudiant, le sujet du stage et le choix de la structure d'accueil (un bureau d'études, une collectivité, un syndicat mixte, un conservatoire, un laboratoire, etc) devront être validés par le Comité de direction.


Organisation et évaluation


L’ensemble des cours et examens se déroule au premier semestre. Chaque UE fait l'objet d’une épreuve sous forme écrite, orale ou dossier.

Comité de direction du M2 :

Ce comité émanant du comité de perfectionnement du Master comprend 3 chercheurs et enseignants-chercheurs des principaux laboratoires impliqués dans la formation (resp. EEG, resp. BEEB, 1 représentant par partenaire (INSA, VETAGROSUP). Ce comité a en charge :

  • de former les jurys en début d’année,
  • d’allouer les rapports des étudiants aux experts constituant les jurys et d’orienter les nouvelles candidatures vers les structures d'accueil en adéquation avec le projet des candidat(e)s.

Jury BEEB :

Le jury délibère sur les épreuves de S3 et S4. Chaque étudiant est évalué par trois examinateurs chargés de noter le rapport écrit : le maître de stage dans l'entreprise d'accueil, le tuteur universitaire et le responsable de la formation. Le lien avec le tuteur est indispensable et ce dernier doit être consulté régulièrement par l'étudiant. Chaque examinateur transmet une note (/20) accompagnée d’un court commentaire (1/2 page maximum) justifiant la notation pour chaque rapport.


L'épreuve orale se déroule devant un jury composé des maîtres de stages et tuteurs universitaires début septembre.



Modalités d’admission et d’inscriptions


L'admission en M2 est prononcée par une commission d'admission propre au parcours et composé des membres de l’équipe pédagogique. L’admission est conditionnée à l’obtention d’un diplôme (M1, école d’ingénieur,..) dans le domaine de l'écologie ouvrant droit à une inscription en M2 et au dépôt d’un dossier complet. La capacité d’accueil du M2 étant limité (capacité d'accueil de l'équipe pédagogique, bassin d'emploi), l'admission sera liée à la qualité du dossier ainsi qu'au projet professionnel défendu par le candidat.

Constitution du dossier :

  • Documents officiels d’inscription pédagogique (https://ecandidat.univ-lyon1.fr/#!accueilView).
  • Renseignements administratif auprès du service de scolarité du Département de Biologie (http://fst-biologie.univ-lyon1.fr/presentation/organisation-et-contacts/)
  • CV détaillé,
  • Lettre de motivation qui fait ressortir les raisons du choix de ce parcours, les thématiques scientifiques d’intérêt et le projet de carrière. Les étudiants ayant déjà obtenu un master ne sont pas prioritaires et doivent justifier que la formation BEEB leur permet une reconversion thématique ou offre un complément de formation,
  • Notes (documents officiels indispensables) de L3 et de M1 (au moins le semestre 1) ou de tout autre diplôme ouvrant droit à l’inscription en M2. Le classement dans les promotions de L3 et M1 est à fournir,
  • Attestations de stage extra-universitaires effectués dans le domaine de l'environnement,
  • Attestations de participation à des associations dans le domaine de l'environnement.

Tout dossier incomplet (sauf pour les notes du semestre 2 de M1) sera refusé. Les notes du semestre 2 seront à faire parvenir au plus vite au département de Biologie.

Calendrier des inscriptions pour la rentrée 2016

  • dépôt des dossiers à l’administration (à définir) juin 2017,
  • réunion du jury d’admission : (à définir) juillet 2017,
  • confirmation à l’administration (à définir) juillet 2017.

DébouchéS et insertion professionnelLE


L’insertion professionnelle est au cœur de la formation. De façon pragmatique elle est assurée via une formation approfondie à la communication scientifique, à la gestion de projet et à la réalisation d’un stage longue durée.

Notre formation prépare :

  • aux fonctions de chef de projet en actions de valorisation de patrimoines naturels, la coordination des études d’impact ou des projets dans le domaine du développement durable et de la gestion des espaces urbains et périurbains avec un statut de fonctionnaire (concours fonction publique territoriale) ou libéral (entreprise individuelle, bureau d’études) ou encore avec un statut associatif (organismes de protection de la nature),
  • aux thèses CIFRE et à l'entrée dans les écoles doctorales (ED) dont le champ scientifique couvre l'écologie, la gestion de l'environnement et la biodiversité.

 Diverses offres d’emploi se trouvent sur les sites suivants :

  •      Réseau TEE
  •    AFIJ de Lyon
  •    Biotope
  •    Ecotémoignages.info
  •    Espaces Naturels
  •    Association Rivières Rhône-Alpes
  •    Ecovolontaires rhodaniens



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Devenir professionnel

Pour avoir accès à l'ensemble des statistiques d'insertion professionnelle, cliquer ici. Pour la promotion 2012-2013, l'information est accessible ici.



Descriptif des Unités d'enseignement



Droit, ECONOMIE ET GOUVERNANCE DE L'ENVIRONNEMENT


Cette UE destinée au parcours Bioévaluation des Ecosystèmes et Expertise de la Biodiversité vise à apporter les bases juridiques et socio-économiques de la gestion de l’environnement. Elle comporte un volet sur le droit de l’environnement et un volet sur l’économie et la gouvernance de l’environnement (57h TP/18h CM).

 

Droit de l'environnement (54 h)

Ce cours est construit afin de correspondre à un public non juriste, mais qui se doit d’acquérir des compétences juridiques dans des domaines précis et très techniques.

  • Sources du droit (international, Europe, national), notions juridiques fondamentales, relations entre les différentes sources juridiques,
  • Grands principes du droit de l’environnement (pollueur-payeur, prévention, précaution, participation, développement durable, droits des générations futures),
  • Droit de l’eau (Evolution de l’appréhension juridique des milieux aquatiques, police de l’eau, planification de la gestion de l’eau, lutte contre les pollutions, fiscalité de l’eau),
  • Droit de la diversité biologique,
  • Réglementations applicables à l’étude d’impact, aux installations classées (ICPE) et à la planification urbanistique,
  • Atelier de mise en situation.

Gouvernance et Economie de l'environnement (21 h)

  • Apport de la sociologie (construction sociale de la nature, méthodologie) et de l’économie (externalités, efficacité économique du permis à polluer, évaluation économique des biens d'environnement, écoentreprises) pour traiter des problématiques de valorisation et de représentation de la nature.
  • Initiation à la diversité des approches et des compréhensions humaines en matière de diagnostic environnemental des territoires.

Equipe pédagogique :

Droit de l'environnement - Isabelle Michallet (MCU), Aude Farinetti (MCU), Mathieu Labrande (Chargé de mission), Quentin Untermeier (Avocat)

Gouvernance et Economie de l'environnement - Florian Charvolin (CR-CNRS), Marie-France Vernier (MCU) ou son remplaçant ?

BIOEVALUATION ET REMEDIATION


L’objectif de cette UE obligatoire pour le parcours est de d’étudier le rôle des informations biologiques et écologiques en bioévaluation et en restauration des écosystèmes (9 TP/ 9 CM) :

  • Fondements des outils de bioévaluation. Bon état écologique, état de référence. Services écosystémiques (bilan, évaluation multicritères, conservation).
  • Méthodes d’ingénierie écologique et cadres socio-économique et technique de leur mise en œuvre (interventions sur les espèces invasives et les réseaux trophiques, restauration de berges de cours d’eau, réhabilitation des conditions physiques d’habitat, restauration de processus écologiques à l’échelle des paysages).
  • Etude diagnostique complète d’un écosystème périurbain et propositions de réhabilitation.

Equipe pédagogique : Sylvain Dolédec (PU) ; Pierre Marmonier (PU) ; Dominique Reynaud (aide technique).

 

Approches Interdisciplinaire en Ecologie et Evolution :   Transferts a l' application


L’objectif de l’UE est de considérer quelques concepts écologiques clés et de décliner leur mise en application pour une gestion écologique de l’environnement dans le contexte des recommandations issues des Directives Européennes. Les thématiques abordées sont par exemple:

  •    Conservation et suivi de population
  •    Restauration des écosystèmes côtiers
  •    Connectivité et corridors écologiques

Chacune des thématiques fera l’objet d’une conférence introductive abordant les enjeux et concepts scientifiques sous-jacents. Cette conférence sera suivie de l’intervention de professionnels de l’environnement autour des thèmes de la valeur de la biodiversité et des modes d’action en sa faveur, la gestion des habitats, la zonation des espaces à protéger.

 

Equipe pédagogique :

Professionnels -  Eric Baubet (ONCFS) ; Rudger de Wit (DR IRD Montpellier) ; Nathalie Barré (Pôle-relais lagunes méditerranéennes) ; Hervé Coquillart (Ingénieur écologue) ...

 

Communication scientifique savoir etre et savoir faire


L'objectif est de fournir aux étudiants les principales clés nécessaires à la diffusion, écrite et orale, des résultats de travaux relevant de la recherche fondamentale ou appliquée et destinés à différents types de lecteurs et d’auditoires (ex. chercheurs, gestionnaires en environnement ou représentants de collectivités locales). Il s’agira d’apprendre à structurer et présenter des documents clairs et convaincants pour faire passer un message, en utilisant des supports adaptés et dans le respect des bonnes pratiques scientifiques ; une attention particulière sera portée aux lecteurs/auditeurs à qui s’adressent ces documents (8h CM, 10h TP).

 

Equipe pédagogique :

Sandrine Charles (PU) ; Emmanuel Desouhant (PU) ; Sylvain Dolédec (PU) ; Anne-Béatrice Dufour (MCU) ; Annabelle Haudry (MCU).

Anglais


L'enseignement est dispensé par le Service Commun d'Enseignement des Langues de Lyon1 en vue de l'obtention du niveau B1 (http://scel.univ-lyon1.fr).

Projet tuteure pour l'insertion ProfesSionNelle


Dans ce parcours, le projet tuteuré individuel ou collectif propose à l'étudiant de gérer un projet sous contraintes de temps et de moyens. Ce projet peut être proposé par l'équipe pédagogique, par un organisme d’accueil ou par les étudiants eux-mêmes. Les projets collectifs présentent l'intérêt de développer l'aptitude au travail collaboratif. Le projet comprend une mise au propre du cahier des charges négocié avec l'organisme d'accueil et fait l'objet d'un compte rendu écrit (poster ou rapport) et d'une présentation orale. Un tuteur universitaire et des personnes "ressources" (enseignants-chercheurs ou autres professionnels) apportent, dans leur domaine de compétence, des éléments utiles au bon déroulement du projet (ex. aide intellectuelle ou matérielle, carnet d'adresse).

  • Gestion de projet et recherche bibliographique
  • Encadrement tuteuré

Equipe pédagogique : Emmanuel Desouhant (PU) ; Sylvain Dolédec (PU) ; Yoan Vecchio (ONEMA) ; Dominique Reynaud (aide technique)

SIG et Analyses Spatiales


Contenu précis à venir

TrajecToires Evolutives


Un des enjeux en écologie évolutive est de comprendre les trajectoires évolutives des espèces. Pour identifier et comprendre l’évolution des adaptations, différentes approches de modélisation, largement utilisées notamment en écologie du comportement, ont été développées. Ces approches ne considèrent pas la variabilité individuelle et il est important d’analyser les conséquences écologiques et évolutives  de cette variabilité. L’objectif est d’initier les étudiants à ces approches et de les sensibiliser à l’importance de considérer cette variabilité individuelle (CM 13h, TD 5h).

  • Unités de sélection
  • Notion de paysage adaptatif et de paysage de fitness
  • Dynamique adaptative et IPM (Integral Projection Model)
  • Personnalité animale
  • Spécialisation de niche

     Equipe pédagogique : Dominique Allainé (PU) ; Isabelle Amat (MCU); Emmanuel Desouhant (PU) ; Frédéric Menu (PU)

Modeles statistiques pour la Biologie


La biologie évolutive et l’écologie partagent les mêmes objectifs : décrire la variabilité observable dans les systèmes naturels et en comprendre les facteurs explicatifs. Dans ce contexte, tous acquièrent des données, expérimentales ou in situ. Partant de cas concrets et à l’aide du logiciel R, l’objectif de cet enseignement est de montrer comment la statistique s’implique dans la recherche d’une information structurant les données (4h CM, 32h TD) :

  • Modèles descriptifs permettant de croiser deux tableaux de données contenant des informations de nature différente (e.g., ACP inter et intra-classe, analyse canonique des redondances, analyse de coinertie, classification),
  • Utilisation de modèles probabilistes pour analyser des jeux de données à échelles de variation multiple (e.g., modèle linéaire mixte, modèle linéaire généralisé mixte),
  • Utilisation de critères d’information pour sélection un ensemble de covariables explicatives.

Equipe pédagogique : Anne-Béatrice Dufour (MCU) ; David Fouchet (MCU)

Genomique Populationnelle


Cette UE vise à former les étudiants à l'analyse et l'utilisation de données populationnelles à l'échelle des génomes. Ces données et les nouvelles approches associées permettent de répondre de façon beaucoup plus puissante aux problématiques classiques de génétique des populations, et d'aborder le rôle de l'épigénome et des interactions génome x environnement dans le cadre de l'évolution des espèces. L'enseignement  abordera en particulier les notions suivantes (9h CM, 9h TD) :

  • Conséquences des systèmes de reproduction sur l'évolution des génomes, 
  • Étude de l’épigénome à l'échelle des populations (Systèmes de régulation épigénétique, Transmission des marques épigénétiques, Environnement et épigénétique, Epigénétique quantitative),
  • Génomique et écologie (Effets des interactions génome x environnement sur les traits d'histoire de vie, Bases génomiques de l'adaptation).

Equipe pédagogique : Marie Fablet (MCU), Aurore Gallot Le Grand (MCU), Annabelle Haudry (MCU), Cristina Vieira (PU)

Biodiversite et Fonctionnement des Ecosystemes


L’objectif est la compréhension des mécanismes impliqués dans la dynamique de la biodiversité aux différentes échelles spatiales, ainsi que le rôle de la biodiversité dans le fonctionnement des écosystèmes (CM 18h) :

 

  • Biodiversité
    • Mesure et analyse de la biodiversité aux différents niveaux hiérarchiques (du gène à la communauté),
    • Différentes échelles spatiales de la biodiversité : gradients latitudinaux et altitudinaux, taille de niche,
    • Liens entre biodiversité, perturbations et dynamique des écosystèmes
    • Impact des changements climatiques et conséquences des invasions biologiques
  • Fonctionnement des écosystèmes
    • Rôle de la biodiversité dans les cycles des éléments et les flux de matière : organismes ingénieurs, construction de niche,
    • Groupes fonctionnels,
    • Interactions trophiques : cascades trophiques, régulation des ressources par les consommateurs (« top-down »), rétroactions des ressources sur les consommateurs (« bottom-up »),
    • Traits fonctionnels dans les communautés.

Equipe pédagogique : Laurent Simon (MCU), Sylvain Dolédec (PU)

Statistique   Bayesienne


L'objectif est d'initier les étudiants à l'inférence bayésienne, ainsi qu'aux outils techniques nécessaires à son implémentation. A l'issue de ce module, l'étudiant sera capable de comprendre et d'expliciter les différences entre l'inférence bayésienne et fréquentiste, d'interpréter l’estimation des paramètres d’un modèle dans un cadre bayésien et de valider ce modèle.

  • Théorie de l'inférence bayésienne. Principe de l’inférence bayésienne; Méthodes de l'inférence bayésienne : solutions explicites, algorithmes MCMC, Choix des lois a priori; Estimation des paramètres d’un modèle; Validation et comparaison de modèles
  •  Mise en œuvre avec les outils de type « BUGS ». Formalisation d’un modèle sous la forme d’un graphe acyclique dirigé, Introduction aux outils de type « BUGS », Prise en main du logiciel JAGS à partir d'exemples simples

Chacune des parties sera illustrée par des études de cas.

 

Equipe pédagogique : Marie-Laure Delignette (Prof VetAgroSup), Fabien Subtil

Phylogenie et Evolution Moleculaire


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